疏水性氨基酸有色氨酸、苯丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、丙氨酸和蛋氨酸（甲硫氨酸）。疏水性氨基酸在蛋白质内部，由于其疏水的相互作用，而在保持蛋白质的三级结构上起作用。

非极性氨基酸（疏水氨基酸）：有9种，甘氨酸，丙氨酸，缬氨酸，亮氨酸，异亮氨酸，苯丙氨酸，色氨酸，甲硫氨酸， 脯氨酸。

极性氨基酸（亲水氨基酸）：

按照R基团的极性或在生理pH（接近pH7.0）下与水相互作用的趋势等可将它们分为非极性、极性不带电、带正电（碱性）、带负电（酸性）R基团的氨基酸。

极性不带电荷/极性中性氨基酸：苏氨酸，丝氨酸，半胱氨酸，天冬酰胺，谷氨酰胺，酪氨酸。

带正电氨基酸（碱性氨基酸）：3种，赖氨酸，精氨酸，组氨酸。

带负电氨基酸（酸性氨基酸） 2种，天冬氨酸，谷氨酸。