浮游菌采样者应穿戴与被测洁净区域相应的工作服，全程穿戴无菌手套操作。采样仪器经消毒需先开启浮游菌采样器，使仪器中的残余消毒剂蒸发，时间不少于5分钟，检查流量并根据采样量调整设定采样时间。关闭浮游菌采样器，放入培养皿，换上无菌采样盖。将采样口置于采样点后，开始采样。A级洁净度每个采样点的采样体积不少于1000L，C级洁净度每个采样点的采样体积为500L，其余洁净度每个采样点的采集体积为100L。采样点数目可参照悬浮粒子所规定内容，采样点分布参见GB/T 16292--2010附录A，尽量均匀布点，关键控制区域可适当增加采样点。全部采样结束后，取出培养皿并盖好皿盖。TSA平皿倒置于30～35℃恒温培养箱中培养48小时，SDA平皿正置于20～25℃恒温培养箱中培养5天。取出检查，计数各培养皿的菌落数，每个检测点的结果以每立方米浮游菌的平均浓度为准。每个检测点的浮游菌平均浓度的计算公式为:
平均浓度（cfu/m3)=菌落数/采样量：
   浮游菌监测平板的计数结果应使用Feller校验方式对数据进行校正（根据空气采样头的孔数判断)，之后再计算平均菌落浓度。每个测试点的浮游菌平均浓度应低于所选定评定标准中的界限值。