通过向样品中加入硫氰酸胍和还原剂来破坏细胞，然后对其进行剧烈摇晃或涡旋。此步骤还将破坏二硫键并使样品中存在的污染蛋白质失活。
细胞裂解后，需要添加苯酚和氯仿-异戊醇以从溶液中分离 RNA 样品。水相含有的RNA，因此需要将其放入单独的试管中，加入异丙醇并离心溶液以沉淀 RNA。

然后用 75% 乙醇洗涤沉淀物，然后去除样品中的任何杂质。
要注意 RNA 与 DNA 相比不太稳定，使用前对其进行分离。在处理之前、期间和之后还应特别小心，以确保样品的纯度。即使是最少量的 RNase 也会影响其质量。
DNA 和 RNA 也可以通过提取总核酸部分并将其分成两部分从同一生物样品中分离出来——其中一部分将用 DNase 1 处理，而另一部分将用 RNase A 处理以回收 RNA 和DNA。