花青类荧光染料属于共振染料，其特征在于具有离域电荷的氮原子（两个氮原子）之间的聚甲炔染料。由于与生物分子的低非特异性结合以及明亮的荧光，花青类荧光染料已成为一些最流行的用于标记核酸的荧光染料。
花青类染料分为两大类：
①非磺化花青类染料-该组中的一些染料包括 cy3、cy3.3、cy5、cy5.5、cy7 和 cy7.5。在大多数情况下，这些染料的特点是水溶性低，但胺的盐酸盐和酰肼除外。
它们首先溶解在有机溶剂（共溶剂）中，然后在生物分子标记期间添加到含有生物分子的溶液中。
而“Cy”代表花青，第一个数字代表存在于亚油啉基团之间的碳原子数。 另一方面，添加 0.5 后缀以表示苯并稠合花青。这些荧光染料通常用于有机介质。
②磺化类花青染料-该组由磺基-Cy3、磺基-Cy5 和磺基-Cy7 组成。顾名思义，这些花青的特征是一个磺基，它有助于染料分子在水相中的溶解。
与非磺化花青相比，这些花青更易溶于水，因此不需要溶解在有机溶剂中进行标记。磺化花青通常用于标记疏水性蛋白质、水溶液中的纳米颗粒以及可能被DMSO或DMF变性的敏感蛋白质。
两组染料均可用于标记以下生物分子：
肽、寡核苷酸和 DNA、抗体、可溶性蛋白质。