虽然胃蛋白酶和胰蛋白酶都是蛋白酶，但是主要消化蛋白质的是胰蛋白酶，胃蛋白酶在胃液中存在，可以把蛋白质消化分解成多肽，但是胃液的主要作用是软化食物，在胃的作用下把食物磨碎成粥状的食糜，和口腔的作用有些相似，口腔里虽然有唾液淀粉酶，但是口腔的作用是把食物湿润和磨碎作用。而食物的消化和吸收最主要的是在小肠中，蛋白质的消化也是最主要在小肠中进行的，蛋白酶就是胰蛋白酶。

还有一点，胃蛋白酶在酸性条件下起作用，而胰蛋白酶的适宜条件是弱碱性的。