非编码RNA的发现使得RNA领域再次成为了生命科学研究关注的焦点。因为RNA是一种不稳定的生物大分子，绝大多数的RNA都需要与特定的RNA结合蛋白质结合形成RNA/蛋白复合物才能稳定存在于细胞中；不仅如此，RNA与RNA结合蛋白之间的动态关联贯穿和伴随了RNA的转录合成、加工和修饰、胞内运输和定位、功能发挥及降解的整个生命循环。鉴于此，利用RNA结合蛋白分离或发现鉴定功能性RNA分子是RNA研究领域中一个不可或缺的研究方法。简单地说，就是利用RNA结合蛋白的抗体免疫沉淀RNA/蛋白复合物，再从沉淀的RNA/蛋白复合物中分离得到特定RNA结合蛋白的RNA;分离得到的RNA可以通过末端标记和变性胶电泳对RNA分子的大小进行鉴定，也可以利用高通量RNA测序方法对RNA序列进行分析。
①全部所用的溶液试剂均经过DEPC处理或由DEPC水配制。
②RNA抽提过种中乙醇漂洗步骤可以省略。
③RNA样品溶解与保存:TE（pH8.0）缓冲液。80℃（如果下一步操作涉及酶反应）100%de-ionicFormamide（如果下一步是电泳检测）
④熟练的RNA操作非常重要。RNase的污染可通过使用RNAZap处理操作环境得到降低。