常用的方法是使用溶液法进行蛋白质提取（例如RIPA裂解物），但是在蛋白质提取中通常会产生两种不同的成分，即RIPA可溶性和RIPA不溶性成分。通常，RIPA不溶成分会被我们直接丢弃并忽略。但是有文章证实，丢弃的RIPA不溶成分中存在许多蛋白质。换句话说，通过溶液法提取的总蛋白质不是完整的蛋白质，而只是一些可溶性蛋白质。
蛋白质的溶液提取将人工激活caspase-3和caspase-7；它还会人为地激活某些激酶活性；影响磷酸化研究；影响细胞外基质；影响定量，定性蛋白质研究。目前，通过离心柱法提取蛋白质可以解决上述问题。只需通过柱子添加裂解物和离心机，而不会产生不溶成分，就可以提取出完整的总蛋白。