1、存在部位

外毒素由活的细菌释放至细菌体外；内毒素为细菌细胞壁结构成份，菌体崩解后释出。

2、细菌种类

外毒素以革兰氏阳性菌多见；内毒素以革兰氏阴性菌多见。

3、化学组成

外毒素主要成分为蛋白质（分子量27，000～900，000）；内毒素主要成分为磷脂一多糖一蛋白质复合物（毒性主要为类脂A）。

4、稳定性

外毒素不稳定，60℃以上能迅速破坏；内毒素耐热，60℃耐受数小时。

5、毒性作用

外毒素毒性强，微量对实验动物有致死作用（以ug计量）。各种外毒素有选择作用，引起特殊病变，不引起宿主发热反应。抑制蛋白质合成，有细胞毒性、神经毒性、紊乱水盐代谢等；内毒素毒性稍弱，对实验动物致死作用的量比外毒素为大。各种细菌内素的毒性作用大致相同。引起发热、弥漫性血管内凝血、粒细胞减少血症、施瓦兹曼现象等。

6、抗原性

外毒素抗原性强，可刺激机体产生高效价的抗毒素。经甲醛处理，可脱毒成为类毒霉，仍有较强的抗原性，可用于人工自动免疫；内毒素刺激机体对多糖成份产生抗体，不形成抗毒素，不能经甲醛处理成为类毒素。